La fama del fondo submarino de Cozumel comenzó a principios de la década de los sesenta, cuando el célebre oceanógrafo francés Jacques Cousteau, en uno de sus famosos viajes alrededor del globo, declaró a Cozumel como uno de los reductos submarinos más espectaculares del mundo. La ecología es un punto importante en la pequeña isla mexicana, dado que Cozumel cuenta actualmente con tres reservas naturales: el Parque Nacional Arrecife Marino de Cozumel, el Parque Punta Sur y el Parque Eco-Arqueológico de la Laguna de Chankanaab.
Lugares como el parque ecoturístico Chankanaab y el Faro Celerain son los sitios más visitados para observar la vida marina en Cozumel, ya sea para los que prefieran actividades como el snorkel o para los que gusten de las inmersiones de buceo. El ecoturismo ofrece en Cozumel actividades como visitas a su selva, paseos por sus jardines botánicos y también actividades acuáticas junto a delfines, o visitas a sus santuarios tortugueros. Los más aventureros pueden alquilar un vehículo 4×4 y escaparse a reductos paradisíacos. como Playa Uva, Playa Paraíso, Playa Mia y Dzul Ha, y explorar los campos de coral junto a estas playas.
